但世界輪流轉，其後鈴木的GSX-R1000再度把車迷的心扯走。在良性競爭下，Yamaha在01年9月宣佈推出全新的YZF-R1，引擎改動部份包括進氣/排氣系，供油系統改用電子燃油噴注，車架起用第三代DeltaBox車架，比起DeltaBox II剛性提高了30%。配合減磅偷輕和應用新賽車科技等的指定動作，致力再創造出另一個一公升級跑車的神話。

據廠方產品資料的說法，表示全新的R1是強調人車之間的溝通信任，包括提升油門的線性輸出，增強高速操控和鼓勵駕駛者更輕易地做出激烈的彎道動作。

動力改進
02年YZF-R1的引擎大致上沿用上一代引擎的998cc水冷直四5活瓣規格，但全新的電子燃油噴注系統中的進氣系起用了生產性電單車首度採用的吸式活塞設計，據說低轉時能維持最佳進氣量，在高轉時又能增強馬力的提升速度。其運作原理是利用一個懸浮狀態的活塞來控制進氣量，透過多個感應器，探測生風和水箱的溫度，大氣壓力，曲軸的位置，油門開啟角度和當時轉數後，微型電腦ECU會決定適當的供油量以利營做出最佳風油比例，令油門反應擁有傳統化油器的優點又有電子燃油噴注的準確表現。除此之外，引擎各部件都經過改良，致力提供一個更穩定耐用的動力心臟。

為改善高轉時進氣系會受到引擎熱力的影響，進氣導管採用了新設計，並縮短了30mm來改善低轉時的生風流量，風盒也由以往的盒狀改換成類似碟狀的設計。